La qualitat de l'aigua té un impacte important en l'aqüicultura. Per tant, és particularment important que l'aqüicultura estigui familiaritzada amb els indicadors de detecció, que realitzi inspeccions periòdiques de la qualitat de l'aigua i que respongui a l'ajust dels indicadors de la qualitat de l'aigua de manera oportuna.
Els principals elements de prova per a les aigües de l'aqüicultura inclouen el pH, el nitrogen amoniacal, l'oxigen dissolt, els nitrits, els sulfurs i la salinitat. Entre ells, l'oxigen dissolt i un pH adequat són condicions essencials, mentre que el nitrogen amoniacal, el nitrogen nitrit i el sulfur són les principals substàncies tòxiques produïdes pel metabolisme dels peixos i les gambes. La mesura precisa i oportuna de la concentració d'aquestes substàncies i la presa de les mesures corresponents poden millorar considerablement la taxa de supervivència dels peixos i les gambes i reduir el cost de la cria.